La présence des Indiens sur le site de la ville actuelle de New York remonte à environ 11 500 ans avant notre ère. Ces populations étaient établies sur la côte Atlantique, et le long de la rivière Delaware. Le Munsee était la langue commune de ces tribus nomades appelées, par la suite, les Delaware.
Entre 1200 et 800 avant notre ère, ces populations se sédentarisèrent. Regroupés en villages par clans, les Indiens cultivaient le blé, l'orge et le tabac. Leur organisation sociale était matriarcale : les hommes quittaient le clan pour se marier. Elle était égalitaire : le pouvoir revenait au plus capable. Elle était libérale : un membre de la communauté pouvait rejoindre un autre clan s'il le désirait et s'il était accepté.
Les femmes veillaient sur la maisonnée et travaillaient aux champs. Les hommes partaient à la chasse et pratiquaient le commerce et la guerre.
Manhattan, dont le nom est dérivé de Menatay, et qui signifie "île" dans la langue des Delaware, était une pièce de cet univers découvert par les Européens au cours du XVIe siècle.
Le navigateur Florentin Giovanni de Verrazano (1480-1528) fut le premier européen à entrer dans la baie de New York en 1524. L'explorateur anglais Henry Hudson, qui consacra sa vie à rechercher un passage vers l'Asie par le Nord de l'Amérique, lui succéda en 1609 en remontant le fleuve qui porte son nom jusqu'à l'actuelle ville d'Albany.
La compagnie hollandaise West India installa un comptoir commercial de fourrures sur la pointe sud de Manhattan en 1621 et le gouverneur fédéral Peter Minuit (1580-1638) signa en 1626 un traité avec les Indiens accordant la propriété des terres à la colonie hollandaise pour une valeur marchande de 60 guilders, équivalent à vingt-quatre dollars d'aujourd'hui.
L'île fut baptisée Nieuw Amsterdam, la Nouvelle-Amsterdam.